南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006年南阳市委市政府对南阳医学教育资源进行整合，将张仲景国医大学、南阳中医药学校连并入南阳医学高等专科学校，形成了中医日渐厚重、中西医并举、医药护技齐全的办学格局。目前，学校占地1316亩，校舍建筑面积51.42万平方米；教学科研仪器设备总值1.33亿元；图书馆总藏书量175万册，其中纸质图书123万册，电子图书52万册，中外文期刊1300余种。学校内设20个党政群团机构，14个教学系(部、院)，6个教辅机构。开设有临床医学、护理、中医学、药学等20个专业，并与美国卡姆登学院、美国哈森大学、菲律宾伊密里欧学院、日本大阪滋庆学园联合举办护理、药学、口腔医学等8个涉外专业。学校有专任教师842人，其中：高级专业技术职务390人（正高111人），硕士以上学位教师448人（其中博士学位15人），外国文教专家6人。5人被聘为高校硕士、博士生导师。“双师型”教师388人，占专任教师比例为55.99%。

学校现有专门的科研机构15个，其中市级以上研究机构7个。并建有设备先进，功能配套，面积2300平方米的科研实验中心。拥有国家二级科研实验室、河南省博士后研发基地。人体生命科学馆、中药标本馆全国一流，仲景文化特藏馆独具特色, 艾滋病解剖标本填补国内外空白，创办的“中国解剖网”被中国解剖学会确定为专用网站。《国医论坛》为国家级期刊。

学校建有国家级示范性实训基地1个，省级示范性实训基地建设5个；省级特色专业5个，河南省教改试点专业2个，河南省高等学校专业综合改革试点专业5个，中央财政支持建设专业2个；全国职业院校健康服务类示范专业1个。3个教学团队被确定为河南省教学团队建设项目。3门课程被评为省级精品资源共享课程，1门课程被评为国家精品在线开放课程，3门课程被确定为民族文化传承资源库建设项目，2门课程被确定为立体化教材建设项目；共有示范性实训基地5个，综合性示范实训基地2个。2017年又获得河南省创新行动发展计划项目立项12项。国家授权专利596项；国家中医药管理局项目3项；国家中医药管理局中医药科技专项中标项目1项。先后荣获河南省高等教育教学成果特等奖1项，中华医学科技二等奖1项，湖北省科技成果二等奖1项。学校成功申报国家自然科学基金项目3项，实现了连续三年入围。2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀等次；2013年顺利通过第二轮人才培养工作评估，22项评估指标全部获优。

学校建有三所直属附属医院。第一附属医院为国家三级甲等医院，是河南省住院医师规范化培训基地和河南省全科医生培训基地，开放床位1800张。拥有6个省级重点培育学科,15个市级医学临床重点专科，5个市级临床特色专科。2016年牵头成立了医疗集团，成员单位60家。第二附属医院是一所以中医为特色，中西医并举的国家三级中医院，为河南省全科医生培训基地，开放床位1000张。2017年牵头成立了专科共建联盟，成员单位136个。第三附属医院是以眼科和微创为特色的国家二级综合医院、南阳城乡一体化示范区人民医院，开设床位500张。2017年牵头成立城乡一体化示范区人民医院医疗共同体，已有5家医院加入。三所附属医院均建有较为完备的实验实训场地。学校确定了100个稳定的校外实习基地，其中“三甲”医院35家，保证了临床教学和生产实习。学校先后与武汉大学医学院、千金方集团、三统农业科技发展有限公司等多家单位在药品生产研发、技术服务、人才培养等领域进行深度合作，形成了较为完善的校企合作培养体系。

学校先后荣获“河南省文明学校”、“河南省职业教育先进单位”、“河南省十大品牌学校”、“河南省公众最满意的十佳高职院校”、“河南省文明单位标兵”、“河南省职业教育品牌示范校”、“河南省优质院校立项建设单位”等百余项荣誉称号。2018年5月，广州日报数据和数字化研究院对全国1388所高职高专院校进行排名，学校综合指数位居医药类第一，教育竞争力指数位居全国第二。近期在中国科教评价研究院对2018年全国高职高专的排行榜中，学校综合排名在医药类名列第二，科研影响力排名居全国第二。